双方合作要签订协议书或合同，这是大家都知道的常识。代理记账也是如此，签订代理记账协议书后，可明确规定双方的责任与义务，有效避免后期的纠纷。

双方签订代理记账协议书时，应相互协商，除法律规定的基本条款外，还要明确一下内容：

一、委托人、受托人对会计资料真实性、完整性承担的责任。

二、会计资料传递程序和签收手续。

三、会计档案的保管要求及相应责任。

四、编制和提供财务会计报告的要求。

五、委托人、受托人终止委托合同应当办理的会计交接事宜。

在签订代理记账协议后，如果企业或代理记账机构违约，将按照法律和协议规定，确定责任。

通常问题有两种情况：1、一方不履行协议义务或者履行协议义务不符合约定而导致出问题的，则违约一方履行义务或采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。2、因一方违法或违反协议导致出问题，则违法或违反协议的，除承担法律责任，还需按规定承担违约后果。